Das Erzbischöfliche Jugendamt (EJA) wird geführt von der Jugendamtsleitung, die für die Gesamtorganisation verantwortlich ist und den Bereichsleitungen, die im Auftrag der Jugendamtsleitung für bestimmte Teilbereiche des EJA zuständig sind.
Ihnen steht die Verwaltung des Jugendamtes zu Seite.
Die Jugendamtsleitung setzt sich aus den Funktionen Diözesanjugendpfarrer und Stellvertretende Jugendamtsleitung zusammen und arbeitet im Team.
Als Fachbereich Jugendpastoral gehört das Erzbischöfliche Jugendamt München und Freising zur Abteilung Kinder- und Jugendpastoral in der Hauptabteilung Generationen und Lebensalter des Ressorts 4 Seelsorge und kirchliches Leben im Erzbischöflichen Ordinariat München EOM.